• Le Comité Stratégique

C'est l’instance décisionnelle et d’arbitrage du GIS. Il est le lieu privilégié d’échanges entre les Membres et de convergence des informations pour construire une vision partagée du futur de l’élevage ; en particulier pour assurer la cohérence des recherches et des innovations et répondre aux enjeux de performance et de durabilité des systèmes de productions animales.
Le Comité Stratégique est constitué d'un représentant désigné par chaque membre.
Il délibère notamment sur les orientations stratégiques du GIS, la validation des actions et du budget sur proposition du Directoire Opérationnel, la désignation et la révocation des membres du Directoire Opérationnel, l’admission d’un nouveau membre, la constitution de groupes de travail spécifiques, la politique de communication du GIS et de représentation à l’extérieur.
Il est présidé par Jean-Louis Peyraud - Directeur Scientifique adjoint Agriculture (INRAE) et Bernard Malabirade (APIS-GENE)

• Le Directoire Opérationnel

Le Directoire Opérationnel met en œuvre, de façon collégiale, les actions du GIS décidées par le CS.
Désigné par le Comité Stratégique, le Directoire Opérationnel est composé de représentants d'experts thématiques. Il organise et assure le suivi des actions et des budgets correspondants en veillant au respect des engagements souscrits par les partenaires concernés, notamment en ce qui concerne les moyens affectés à chaque action. Il propose la protection, la diffusion et la valorisation des résultats. Il assure la soumission des projets collaboratifs montés par le GIS aux appels d’offres régionaux, nationaux ou européens.
Il est animé par trois coordinateurs scientifiques : René Baumont (INRAE, Directeur du GIS), Anne-Charlotte Dockès (IDELE) et Jean Pierre Bidanel (INRAE) (Directeurs Adjoints).

• La Cellule de Direction

En charge du fonctionnement opérationnel quotidien du GIS en amont et en aval des réunions des deux instances, elle est constituée du Directeur et des deux Directeurs Adjoints, de la Secrétaire générale du GIS, de l’animateur du Comité de Propriété Intellectuelle et de Valorisation (CPIV) et d’un représentant des organismes de formation partenaires GIS (Gilles Brunschwig, VetAgro Sup).

• Le Secrétariat Général

Un Secrétariat Général est mis à la disposition du GIS AE par INRAE afin d'assister les différentes instances du GIS et d’assurer l’organisation opérationnelle du GIS et notamment :
- L’instruction et le suivi des conventions avec les partenaires, la centralisation et la synthèse des informations relatives aux projets et aux actions (ex. master), la gestion budgétaire du GIS (Camille Billion, INRAE).
- La préparation des réunions du Comité Stratégique et du Directoire Opérationnel et l’appui à l'organisation des évènements du GIS (colloques...) et à la préparation de documents (lettres d'info...) (Gentiane Maillet, ACTA/INRAE).
- L’administration et la gestion du site WEB du GIS, la diffusion des informations et l’appui à la mise en œuvre des opérations de communication du GIS (Laetitia Payet, INRAE)

• Le Comité de Propriété Intellectuelle et de Valorisation (CPIV)

Le CPIV a pour mission d’étudier et de proposer toute disposition en matière de propriété intellectuelle et de valorisation des résultats issus des travaux réalisés dans le cadre du GIS. Il est animé par Matthieu Diribarne (APIS-GENE).